Principios de la Comisión
 
Confidencialidad
Las declaraciones e información que aporten las partes o que sean requeridas de oficio por la Comisión, se mantendrán en estricto secreto y se manejaran con absoluta discreción. Con esto, además de cumplir con una disposición legal, se busca preservar la honra tanto del particular como del prestador del servicio que acude a la Institución.

Buena Fe
La Comisión debe ser considerada, por el usuario y el prestador del servicio médico, como una instancia para solucionar los conflictos de manera cordial y no como un medio para fraguar pretensiones ilegales, injustas o fraudulentas; por ello, las partes deben comportase y conducirse con lealtad y probidad, buscando la verdad y la justicia.

Imparcialidad
Es el absoluto equilibrio de la Comisión en cuanto a las partes.

Conciliación
Dar solución en amigable composición, al conflicto derivado de la relación médico-paciente, mediante un convenio y actuando con base a los principios de la Institución.

Economía Procesal
Obtención de resultados en corto tiempo, con relación a otras Instancias.

Igualdad de las Partes
Mismas oportunidades durante el proceso del asunto, para el usuario y el prestador del servicio de salud.