Una de las premisas del Gobierno del Estado de México es contar con una administración pública eficiente en su desempeño, eficaz en la respuesta a las demandas de la sociedad y honrada en el desarrollo de sus funciones que impulse la formación de una cultura de modernización y mejoramiento de la función pública. Es así que en el Plan de Desarrollo del Estado de México 2005-2011, el licenciado Enrique Peña Nieto Gobernador Constitucional de la entidad señala que: "El cimiento de la Seguridad Integral será la organización innovadora de la administración pública. Los tiempos exigen renovar a las instituciones para hacerlas más eficientes coordinando adecuadamente sus actividades para resolver los problemas de la población".
En este contexto y ante la necesidad de garantizar la calidad de los servicios de salud a la población mexiquense se realiza una constante renovación de las instituciones encargadas de la prestación de éstos, a fin de atender las legítimas demandas de los usuarios en materia de salud.
El 4 de marzo de 2000 mediante el decreto número 156 publicado en Gaceta del Gobierno se hacen adiciones a la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México referente a los artículos 19, fracción III, 25 y 26 para crear la Secretaría de Salud en la entidad como la dependencia encargada de conducir la política estatal en materia de salud y garantizar que las instituciones que integran el Sistema Estatal de Salud operen en un esquema de coordinación eficaz, permitan la descentralización de los servicios médicos para dar respuesta ágil y efectiva a los problemas y necesidades locales, mejoren el nivel de salud de la población, distribuyan equitativamente los beneficios, mejoren la percepción de los usuarios y optimicen los recursos.
La Secretaría de Salud para el cumplimiento de sus objetivos y desarrollo de sus funciones contó con una estructura de organización autorizada en septiembre de 2000, integrada por tres unidades administrativas, la oficina del titular de la dependencia y dos unidades de apoyo, la de Estudios y Proyectos Especiales y la de Seguimiento y Evaluación.
En octubre de 2004 se formaliza en la estructura de organización el Consejo de Salud del Estado de México como un órgano colegiado para la permanente coordinación, consulta y apoyo en la planeación, programación y evaluación de los servicios de salud.
En el mes de diciembre de 2006 se autorizan tres unidades administrativas a la estructura orgánica de la Secretaría: la Coordinación de Hospitales Regionales de Alta Especialidad, la Dirección de Proyectos de Servicios Médicos Ambulatorios y de Diagnóstico y la Dirección de Proyectos de Servicios Médicos con Internamiento. Con la creación de esta coordinación se contribuye al fortalecimiento de la prestación de servicios médicos de acuerdo con las características y necesidades particulares de cada región de la entidad y se acerca la atención médica de especialidad a la población que lo requiera.
La Secretaría de Salud del Estado de México considera bajo su coordinación sectorial al Instituto de Salud del Estado de México, el Instituto Materno Infantil del Estado de México, la Comisión de Arbitraje Médico del Estado de México y el Centro Estatal de Trasplantes.
